物流公司支付运费的会计处理方式如下：
首先，当物流公司自行支付进货运费时，会计分录如下：借记库存商品等，贷记银行存款。这意味着物流公司将支付的运费作为库存商品的成本进行记录，并从公司的银行账户中扣除相应的金额。
其次，如果物流公司预收了运费并进行了支付，会计分录如下：借记预收账款-运费，贷记银行存款。这表明物流公司已经收到了客户预付款，并且已经将该款项用于支付运费。
关于支付运费对应进项税额能否抵扣的处理，需要根据具体情况进行判断。如果销售的货物是免税增值税项目、简易计税方法计税等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。同样地，如果购买的货物是用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等不能产生销项税额的，则支付的运费即使取得增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。
然而，如果外购货物用于了增值税应税项目，并且取得了普通发票，但是支付的运费取得了增值税专用发票，那么物流公司可以凭票抵扣运费的进项税额。但如果未取得增值税专用发票，则不得抵扣运费的进项税额。
综上所述，物流公司在支付运费时需要进行相应的会计处理，并根据具体情况判断是否可以抵扣进项税额。这些处理方式和抵扣规则对于物流公司的财务管理非常重要。