公司支付运费的会计分录如下：
借：销售费用-运费 应交税费-应交增值税(进项税额) 贷：银行存款
关于支付运费对应进项税额能否抵扣的处理，需要根据不同情况进行判断。首先，在销售货物时，如果所销售的货物属于免税增值税项目或采用简易计税方法计税等无法产生销项税额的情况，即使支付的运费取得了增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。这是因为在这种情况下，销售方无法提供合法的销项税额，因此支付的运费也无法进行抵扣。
其次，在购买货物时，如果外购货物用于免征增值税项目、集体福利或个人消费等无法产生销项税额的情况，同样即使支付的运费取得了增值税专用发票，也不能抵扣进项税额。这是因为在这种情况下，购买方无法提供合法的销项税额，因此支付的运费也无法进行抵扣。
然而，如果外购货物用于了增值税应税项目，并且取得了普通发票，但支付的运费却取得了增值税专用发票，那么可以凭票抵扣运费的进项税额。这是因为在这种情况下，购买方可以提供合法的销项税额，因此支付的运费可以进行抵扣。但如果未取得增值税专用发票，则不得抵扣运费的进项税额。
综上所述，公司在支付运费时需要注意根据具体情况判断是否可以抵扣进项税额。只有在符合相关规定的情况下，才能进行进项税额的抵扣操作。